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Neu in der Oberstufe trifft Nagisa seine ehemaligen Teammitglieder aus dem Schwimmclub wieder: Haruka und Makoto. Gemeinsam wollen sie die Zeitkapsel auf dem Gelände ihres alten Schwimmclubs ausgraben und werden dabei von dem vierten damaligen Mitglied, Rin, überrascht, der nach der Grundschule ins Ausland gegangen war.

Es kommt zum Wettkampf Haruka gegen Rin. Dieser hat sich während seiner Zeit im Ausland offenbar sehr verändert und scheint an der alten Freundschaft nicht mehr interessiert zu sein

Gemeinsam mit Rins Schwester Gou hat Nagisa Haruka und Makoto überredet einen neuen Schwimmclub zu gründen. Jetzt fehlt ihnen nur noch ein weiteres Mitglied und Nagisa ist überzeugt, dass ihr Mitschüler Rei der richtige ist, obwohl dieser da anderer Meinung ist

Der Iwatobi Swim Club beginnt sein Training. Aber da ihre Schwimmausrüstung nicht mehr auf dem neuesten Stand ist, müssen erst mal neue Badehosen her

Der Iwatobi Swim Club hält ein Trainingscamp ab. Da Rei als neues Mitglied das Gefühl hat, nicht mithalten zu können, will er nachts im Meer trainieren.

Die Mitglieder des Iwatobi Swim Clubs überdenken jeder für sich ihre Gründe zu Schwimmen und Makoto erzählt aus seiner Vergangenheit.

Ihr erster gemeinsamer Wettkampf rückt näher und Rin wird einer ihrer Gegner sein. Auch dieser hat seine eigenen Gründe, um zu Schwimmen.

Der Wettkampftag ist da und jeder der vier Jungen tritt in seinem Fachgebiet an. Als letztes wartet der Wettkampf im Staffelschwimmen auf sie.

Nach dem Wettkampf wollen sich die Jungen des Schwimmclubs auf einem Sommerfest entspannen. Aber Nagisa möchte vermeiden, dass sich Haruka und Rin über den Weg laufen, um weitere Konflikte zu vermeiden. Deshalb hat er Rei dazu ausersehen Rin zu verfolgen und ein Treffen der beiden zu verhindern.

Der Trainer Sasabe übernimmt das Training des Iwatobi Swim Clubs. Rei stört es, dass er als einziger nicht weiß, was in der Vergangenheit zwischen Rin und den anderen geschehen ist und Haruka beschließt, ihm davon zu erzählen.

Nachdem er Harukas Geschichte gehört hat, möchte Rei von Rin wissen, was er eigentlich wirklich vom Iwatobi Swim Club will und Rin öffnet sich ihm gegenüber.

Das Finale rückt näher und der Iwatobi Swim Club muss im Staffelschwimmen gegen Rins Team antreten.