Jason Bourne deckte ein streng geheimes CIA-Projekt auf: „Treadstone“ hatte zum Ziel, mithilfe experimenteller Drogen Superspione zu schaffen. Da die Enthüllungen auch andere Geheimprojekte der CIA bedrohen, sind Direktor Kramer (Scott Glenn) und Colonel Byer (Edward Norton) um Schadensbegrenzung bemüht. Alle Agenten und Wissenschaftler, die involviert waren, sollen sterben. Auch der „Über-Agent“ Aaron Cross (Jeremy Renner) steht auf der Abschussliste. Der Drohne, die auf ihn angesetzt wird, kann er mit knapper Not entkommen. Als auch die Wissenschaftlerin Dr. Marta Shearing (Rachel Weisz) ausgelöscht werden soll, greift Aaron Cross rettend ein. In Sicherheit sind die beiden deshalb aber noch lange nicht.
