Der Einzelgänger Snake Eyes ist auf der Suche nach den Mördern seines Vaters. Er rettet einen Mann namens Tommy vor den Yakuza und wird daraufin in dessen Familie, den Arashikage-Clan aufgenommen. Dort wird Snake Eyes in die Welt eines Ninja-Kriegers eingeführt. Um das Vertrauen des Clans zu erlangen, soll er drei Prüfungen bestehen. Geheimnisse aus Snake Eyes' Vergangenheit führen dazu, dass seine Ehre und Loyalität infrage gestellt werden.
