Sie ist der Prototyp einer neuen Cyborg-Generation, die Vorzeige-Mensch-Maschine von Hanka Robotics: Bei Major Mira Killian (Scarlett Johansson) steckt ein menschlicher Geist (Ghost) in einem synthetischen Körper (Shell). Von Hanka-Wissenschaftlerin Dr. Ouélet (Juliette Binoche) erschaffen, führt der Cyborg mit Seele und Superkräften die Eliteeinheit „Sektion 9“ an. Zu seiner größten Herausforderung wird Hacker Kuze (Michael Pitt), der Hanka Robotics attackiert. Lange Zeit ahnt Mira nicht, dass Kuzes Krieg gegen den Konzern mit ihrer eigenen Vergangenheit zu tun hat.
